Ortópteros

Reúne 26 especies, das cales 18 son ortópteros (saltóns, chicharras e grilos), 3 son dermápteros (forcadela ou cadela dos frades), 2 son blatópteros (cocarachas), e 3 son das ordes dos fásmidos, mántidos e isópteros (insecto pao, mantis relixiosa e termitas respectivamente). Merece destacar que, dende o punto de vista bioxeográfico, os elementos mediterráneos representan unha proporción maior que os eurosiberianos.
A chicharra Callicrania seoanei e a cocaracha Ectobius brumeri son endemismos do noroeste peninsular. O primeiro vive sobre todo en toxos e está considerado como unha especie a protexer debido á súa restrinxida área de distribución. Á forcadela Mesochelidura occidentalis aparece citada unicamente nas Cíes, despois de ser coñecida exclusivamente cerca de Lisboa.

Coleópteros

Os hábitats máis interesantes para os coleópteros das illas son as áreas dunares, as matogueiras de toxo edafoclimático e os piñeirais. Están citadas 255 especies incluindo endemismos restrinxidos a estas illas.
Os sistemas dunares comprenden un tipo de hábitat moi especializado onde viven escaravellos sabulícolas errantes e zapadores, a maioría nocturnos. Moitos deles, como os pertencentes á familia dos tenebriónidos, están dotados de proteccións contra as duras condicións do medio, tales como o grosor da súa cutícula ou a súa forte pigmentación. Localízanse na superficie do solo, debaixo das pedras ou o pé de distintas plantas, o parecer non lles importa a desecación, as mobilidades do terreo ou os cambios bruscos de temperatura. Na zona supralitoral das praias, baixo os restos que arrastra o mar, atópanse especies propias de terreos salgados. Estas caracterízanse pola escasa pigmentación da cutícula. Moitas delas son fitófagas e florícolas e viven sobre plantas nutrícias. Para ser extensións tan pequenas, as dunas presentan una alta diversidade de especies de escaravellos con especies tan interesantes como o carábido Trechus cuniculorum ou o crisomelido Longitarsus australis.
Nos toxais dos acantilados viven Tretramelus parvus e Stenosis oteroi, especies endémicas de distribución restrinxida ás Cíes e zonas próximas, e a espectacular Macrothorax rugosus, considerada especie ameazada.
Os piñeiros posúen unha rica comunidade de coleópteros. Viven baixo as pedras e entre a cortiza das árbores. A maioría aliméntanse de madeira e só algúns consumen as follas dos piñeiros ou de plantas do sotobosque. Destacan neste medio o carábido Steropus galaecianus e os cerambícidos Ergates faber e Corymbia stragulata.
Outros tipos de escaravellos que podemos atopar son por exemplo o Ernobius vinolasi ou especies a protexer como son: Macrothorax rugosus, Trechus cuniculorum, Tretramelus parvus, Stenosis oteroi, Ergates faber e Corymbia stragulata.

Gasterópodos. Caracois e babosas

As illas presentan unha variada malacofauna terrestre reunindo a unhas 31 especies de caracois e babosas. Entre elas podemos atopar especies características da malacofauna galega como o caracol Portugala inchoata, especie endémica da área lusitánica moi abundante nas zonas costeiras, o Oestophora barbula, tamén endemismo ibérico.Non falta o helícido máis abundante en Galicia, o caracol de horta Helix aspersa.
Sen embargo, a maior parte dos caracois só miden uns poucos milímetros. Podemos atopar especies de distribución costeira de carácter mediterráneo como as diferentes especies do xénero Cochlicella e Theba pisana. Destacan por estar moi localizadas en Galicia Xerotricha apicina e Ovatella myosotis, especie anfibia que resiste altas concentracións de salinidade no supralitoral.
Collumela aspera só está citada en Galicia dentro da Península Ibérica. É característica de zonas arboradas xunto a especies europeas tan frecuentes como Aegopinella nitidula ou Discus rotundatus.
As babosas, para protexerse da desecación, adquiren hábitos nocturnos e viven preferentemente en lugares húmidos, escondéndose baixo as pedras, nos troncos caídos, entre as follas caídas,etc. A maior parte das especies son omnívoras e a súa determinación correcta require do estudio do seu aparto xenital.
En medios antropóxenos atopamos a Deroceras reticulatum, Lehmannia valentiana e Arion intermedius, aínda que a maioría están ligadas a ecosistemas de bosque. Entre as mais curiosas está Geomalacus maculosus, que só sae nas noites cálidas e húmidas. É unha especie endémica da área lusitánica e está protexida por diferentes convenios internacionais. Ramonea nas setas e nos líquenes das rochas, refuxiándose nas fendeduras e en lugares moi húmidos.
Outros endemismos do norte peninsular son Deroceras lombricoides e Deroceras hispaniensis. Estas babosas viven no solo dos piñeiros. Interesa especialmente pola súa rareza o Furcopenis circularis. Pertence a un xénero endémico de Galicia con só dúas especies máis.

Invertebrados. Oligoquetos

A maior parte da fauna invertebrada pasa desapercibida debido ó seu reducido tamaño, sen embargo, é a máis diversa do reino animal. Os invertebrados cumpren un papel primordial nas cadeas tróficas e na transformación no medio no que viven, sendo unha base fundamental do funcionamento dos ecosistemas.
Os oligoquetos ou miñocas de terra son pequenos animais que conforman a primeira biomasa dos ecosistemas edáficos. A súa actividade aumenta a microporosidade do solo, estimula a actividade de microorganismos aerobios e a súa presenza acentúa os procesos de fixación do nitróxeno. Airean e removen o solo, axudan ós procesos de humificación, forman agregados do solo estables e por tanto, melloran as características físico-químicas dos solos nos que habitan.

Nas Cíes existen tres familias de miñocas: Lumbrícidos, con dez especies presentes, Criodrílidos y Acantodrílidos, cada unha con súa especie.

Entre os Lumbridos é de destacar o Allolobophora oliverirae limicola, que é unha especie moi rara e soe atoparse no noroeste ibérico. Das pertencentes ás outras dúas familias, destacar Microscolex phosphoreus e Criodrilus lacuum, son interesantes por ser pouco citadas na Península Ibérica.

Anfibios e réptiles

Os anfibios son pouco frecuentes debido á escaseza de auga, aínda así, atópanse especies en escaso número de píntega (Salamandra salamandra) e sapiño pintoxo (Discoglossus galganoi). En canto ós réptiles, podemos atopar especies interesantes como o eslizón ibérico (Chalcides bedriagai) que é un endemismo ibérico de moi restrinxida distribución en Galicia, a lagartixa ibérica (Podarcis hispanica), o lagarto ocelado (Lacerta lepida), o escáncer (Anguis fragilis) e o eslizón común (Chalcides striatus), e tamén dúa serpes (Coronella girondica e Natrix maura), moi escasa, totalmente inofensivas e non velenosas.

Mamíferos

Os mamíferos tamén están representados nas illas, pero por comunidades máis reducidas que no caso das aves. Podemos atopar coellos (Oryctolagus cuniculus), ourizo común (Erinaceus europaeus) e a lontra (Lutra lutra), son os únicos mamíferos de certo porte. Entre os micromamíferos podemos observar a rata gris (Rattus norvegicus), a rata negra (Rattus rattus), o rato doméstico (Mus domesticus) e a musaraña (Crocidura russula). Outro tipo de mamíferos son os de carácter voador, os morcegos aparecen representados por dúas especies (Pipistrellus pipistrellus e Eptesicus serotinus).

Avifauna

Unha gran cantidade de especies de paxaros, como a carriza (Troglodytes troglodytes), o paporrubio (Erithacus rubecula), a tarabilla común (Saxicola torquata), o merlo común (Turdus merula), a curruca rabilonga (Sylvia undata), a curruca cabecinegra (Sylvia melanocephala), o colirroxo tizón (Phoenicurus ochruros), os ferreiriños e carboneros (Parus spp.), o pinzón vulgar (Fringilla coelebs), o verdecillo (Serinus serinus) ou o pardillo común (Carduelis cannabina), entre outros moitos, nidifican, invernan ou descansan nestas illas nas súas viaxes migratorias. Tamén se poden atopar neste arquipélago o azor común (Accipiter gentilis), o busardo ratoneiro (Buteo buteo), a pomba torcaz (Columba palumbus), o pico picapinos (Dendrocopos major), o chotacabras gris (Caprimulgus europaeus), cornexa (Corvus corone) ou a tórtola turca (Streptopelia decaocto).

Avifauna rupícola

Nos acantilados nidifican 2-3 parellas de falcón peregrino (Falco peregrinus), máis de 15 parellas de cirrio grande (Apus melba) que é a poboación Galega máis importante, a chova piquirroxa (Pyrrhocorax pyrrhocorax), a gralla pequena (Corvus monedula) e o corvo (Corvus corax).

Avifauna non nidificante

Entre as aves mariñas non reprodutoras nas illas destaca a presenza do cormorán grande (Phalacrocorax carbo), que emprega as illas principalmente como dormideiro (máis de 500 exemplares) durante a temporada invernal, dispersándose durante o día polo litoral da Ría de Vigo. O arao común (Uria aalge), extinto como nidificante en 1988 pero común como invernante e migrante. A pardela balear (Puffinus mauretanicus) que se pode observar na época estival, está declarada como en Perigo de Extinción no Catálogo Nacional de Especies Ameazadas.
As importantes poboacións de aves mariñas fixeron posible a declaración das Cies como ZEPA (Zona de Especial Protección para as Aves) por parte do Estado Español, seguindo a lexislación da Unión Europea.

Avifauna nidificante

As Illas Cíes son internacionalmente coñecidas por albergar importantes poboacións de aves mariñas. Ademais, acollen interesantes especies de aves non mariñas e outra clase de vertebrados, especialmente réptiles. Non existen cursos de auga permanentes, polo que non hai peixes continentais nin apenas anfibios.
Con respecto á avifauna, o arquipélago foi incluído no inventario de áreas Importantes para as aves en España (IBA 001 Islas Cíes; SEO/BirdLife, 1998). Alberga interesantísimas colonias de aves mariñas, algunhas delas de importancia excepcional.Dentro da avifauna nidificante atopamos a gaivota patiamarela (Larus cachinnans) que é a especie máis abundante na illa, con 18000-22000 parellas, ten aquí a súa poboación nidificante máis importante do mundo. Concentra arredor do 10% da súa poboación global, constituíndo a colonia máis importante desta especie no planeta. Tamén nidifican outras aves mariñas ameazadas ou de distribución moi restrinxida en España como unhas 3 parellas de gaivota sombría (Larus fuscus), un pequeno núcleo de paiño europeo (Hydrobate pelagicus), que é a menor das aves mariñas europeas, de dificilísima observación pero de grande interes e o cormorán moñudo (Phalacrocorax aristotelis).